耶鲁大学下辖12所学院，包括历史悠久的本科学院、文理研究院，以及10所专业学科学院。虽然耶鲁由校董会管理，但各学院独立编制、修改和监督自己的学位课程。除了位于纽希文市中心的本部校园，耶鲁还在该市西部设有多个体育设施和西希文校园，并在新英格兰地区拥有大片森林和自然保护区。截至2015年6月30日，耶鲁的捐赠基金高达256亿美元，全球教育机构中排名第二。

l  公共卫生学院（School of Public Health）：可以授予毕业生公共卫生硕士学位，博士学位由人文与科学研究生院授予

l  杰克逊全球事务学院（Jackson School of Global Affairs）：杰克逊全球事务学院是耶鲁大学自1976年创办管理学院以来，成立的第一所专业学院，该学院主要教授全球事务性学位课程，同时，该院也是全球健康研究多学科学术课程（MAP）所在地。毕业生可以授予公共政策硕士或其他与全球事务有关的学位。

其他专业学院介绍如下：

* 建筑学院（School of Architecture）：提供建筑学硕士与环境设计硕士非专业学位，博士学位则由人文与科学研究生院授予。

* 艺术学院（School of Art）：为耶鲁大学本科阶段的学生提供艺术类课程，并授予平面设计、绘画/版画、摄影和雕塑等专业的美术硕士学位。

* 神学院（Divinity School）：提供神学硕士与宗教学硕士的学位。

* 大卫格芬戏剧学院（David Geffen School of Drama）：不仅提供研究生课程，还为需要考取艺术相关证书的学生提供课程，毕业生可获得艺术硕士/博士学位，也可考取戏曲证书和一年技术实习证书。

* 工程与应用科学学院（School of Engineering and Applied Science）：面向研究生提供课程，毕业生可获得硕士和博士学位，相关学位由人文与科学研究生院授予。

* 环境学院（School of the Environment）：提供林业、森林科学、环境科学等领域的硕士学位，研究型博士的授予则由人文与科学研究生院授予。

* 法学院（Law School）：提供法学硕士、法学博士等专业，研究性博士学位由人文与科学研究生院授予。

* 管理学院（School of Management）：授予工商管理硕士、高级管理硕士、管理研究型硕士等学位，博士学位由人文与科学研究生院授予。

* 医学院（School of Medicine）：除大学毕业生外，也向已接受必要课程培训的学生提供课程，涉及临床医学、医学科学等医学各方面。

* 音乐学院（School of Music）：提供表演、作曲和指挥方面的课程，符合条件的毕业生可获得音乐硕士、音乐艺术硕士、音乐博士等学位。

* 护理学院（School of Nursing）：主要提供护理类课程，可授予护理硕士、护理实践博士等相关学位，研究性的博士学位由人文与科学研究生院授予。

* 公共卫生学院（School of Public Health）：本学院可以为学生提供公共卫生硕士学位，而博士学位则由人文与科学研究生院颁发。

* 杰克逊全球事务学院（Jackson School of Global Affairs）：作为耶鲁大学自1976年创办管理学院以来成立的第一所专业学院，杰克逊全球事务学院主要致力于教授全球事务性学位课程。此外，该学院还是全球健康研究多学科学术课程（MAP）的所在地。学院的毕业生可以获得公共政策硕士或其他与全球事务相关的学位。